Memasuki babak kedua, tempo pertandingan tetap tinggi. Borneo FC kembali unggul pada menit ke-54 lewat gol Douglas Coutinho yang membawa tim tamu memimpin 2-1.
Malut United terus menekan demi mengejar ketertinggalan. Peluang sempat hadir melalui tendangan Yakob Sayuri pada menit ke-63, namun bola belum mengarah ke gawang Borneo FC.
Tekanan Malut United akhirnya berbuah gol pada menit ke-68. Taufik Rustam mencetak gol penyeimbang dan membuat skor kembali imbang 2-2.
Setelah gol tersebut, Malut United semakin mendominasi permainan. Sejumlah peluang tercipta, termasuk melalui tendangan Ciro Alves pada menit ke-78 yang masih mampu digagalkan lini pertahanan tim tamu.
Puncak drama terjadi di menit-menit akhir pertandingan. Gustavo Franca mencetak gol penentu kemenangan Malut United lewat sontekan akurat yang mengubah skor menjadi 3-2 dan mengunci tiga poin penuh di kandang.