Babak kedua di mulai dengan intensitas yang kurang lebihnya sama dengan babak pertama. Perubahan strategi dari PSM Makassar mulai terlihat. Para pemain telah mampu melakukan serangan yang cukup bagus hanya sayangnya operan bola masih belum sempurna.
Meskipun telah berhasil menciptakan peluang demi peluang serangan PSM Makassar masih belum cukup membahayakan pertahanan Borneo FC Samarinda.
Akhirnya, Borneo FC Samarinda membuka gol di pertandingan ini di menit ke-61 melalui Muhammad Zaki.
Berawal dari kemelut di depan gawang, Muhammad Zaki sukses menendang bola ke arah gawang yang membuat sang penjaga gawang PSM Makassar Roby tidak bisa menghalaunya.
Tertinggal angka membuat para pemain PSM Makassar bermain lebih ngotot mereka terus berusaha menekan dan mengubah papan skor agar bisa lolos ke semifinal.
Sayang usaha dan perjuangan para pemain PSM Makassar tidak membuahkan hasil beberapa kali peluang emas gagal dikonversi menjadi sebuah gol. Skor 1-0 tidak berubah sampai pertandingan berakhir.
Borneo FC Samarinda pun berhasil merebut tiket semifinal Nusantara Open 2022 Piala Prabowo Subianto.