Pertandingan terus berlangsung seru dan intens di babak kedua. Permainan dipertontonkan dengan intensitas dan tempo yang sangat tinggi.
Bayern mengancam lebih dulu pada menit 49. Kerja sama apik Alphonso Davies dan Serge Gnabry melahirkan peluang berbahaya, namun tembakan Gnabry masih melebar.
Tiga menit berselang, Villarreal merespon dengan peluang yang tidak kalah berbahaya. Namun tembakan Gerard Moreno masih membentur tiang gawang.
Memasuki menit 62, Manuel Neuer yang keluar dari sarangnya melakukan blunder. Namun sayang Gerard Moreno gagal memanfaatkan peluang emas tersebut menjadi gol.
Tiga menit berselang, Bayern kembali mengancam melalui tandukan Alphonso Davies. Tapi sayang tandukannya masih mampu digagalkan penjaga gawang Villareal, Geronimo Rulli.
Leroy Sane yang baru dimasukkan ikut mencoba membobol gawang Villareal. Namun tembakannya masih bisa ditangkap dengan lengket oleh Geronimo Rulli.
Tiga menit jelang waktu normal berakhir, Villareal kembali mengancam melalui sepakan Alfonso Pedraza. Namun tembakannya tidak menemui sasaran.
Tidak ada gol tambahan hingga laga berakhir. Bayern secara mengejutkan menelan kekalahan dari Villareal di leg pertama.
Susunan Pemain
Villarreal XI (4-4-2): Geronimo Rulli; Pau Torres, Raul Albiol, Pervis Estupinan, Juan Foyth, Dani Parejo, Etienne Capoue, Francis Coquelin, Giovani Lo Celso, Arnaut Danjuma, Gerard Moreno
Pelatih: Unai Emery
Bayern Munchen XI (4-2-3-1): Manuel Neuer; Lucas Hernandez, Dayot Upamecano, Alphonso Davies, Benjamin Pavard, Thomas Muller, Jamal Musiala, Joshua Kimmich, Robert Lewandowski, Kingsley Coman, Serge Gnabry
Pelatih: Julian Nagelsmann