Satu tahun setelah menangani Timnas Indonesia, Benny Dollo kemudian kembali berlaga di level klub. Dia kembali menangani Persita Tangerang pada medio 2001-2003. Tiga tahun bersama nirgelar, Bendol hijrah ke Arema Malang.
Bersama Singo Edan inilah Bendol kembali bersinar. Pelatih asal Manado itu tercatat berhasil memenangkan tiga gelar secara beruntun. Bendol juga lah yang membawa Arema Malang naik ke kasta teratas.
Tiga gelar tersebut adalah trofi Liga 2 2004, serta dua gelar Piala Indonesia (2005 dan 2006). Deretan prestasi tersebut membuat Bendol lagi-lagi dipanggil untuk menukangi Skuad Garuda. Namun itu juga tidak bertahan lama.
Bendol kemudian menukangi Persija Jakarta (2009-2010), Mitra Kukar (2010-2011), Persija Jakarta (2013-2014), dan Sriwijaya FC (2014-2016). Bendol kemudian resmi pensiun dari dunia sepak bola pada 4 April 2016.
Selamat jalan, coach Bendol.