Babak kedua berjalan sebagaimana 45 menit pertama. Napoli mencoba untuk mencetak gol pertama mereka pada awal babak kedua. Upaya tim tamu berbuah hasil pada menit ke-53 melalui aksi Hirving Lozano.
Setelah itu, Napoli keluar menyerang untuk mendapatkan gol kedua, tetapi upaya mereka membentur barisan pertahanan Atalanta. Kedudukan 2-1 untuk keunggulan Atalanta bertahan hingga menit ke-70.
Sayangnya, permainan terbuka Napoli mampu dimanfaatkan Atalanta dengan baik. Tuan rumah menambah satu gol lagi pada menit ke-78 setelah umpan Duvan Zapata kembali dimaksimalkan Matteo Pessina.
Skor 3-1 untuk Atalanta bertahan hingga pertandingan berakhir. Atalanta pun melaju ke partai puncak karena leg I di kandang Napoli berakhir imbang 0-0. Atalanta akan bertanding lawan Juventus untuk memperebutkan trofi Coppa Italia musim ini.
SUSUNAN PEMAIN
Atalanta (3-4-3): Pierluigi Gollini; Rafael Toloi, Jose Luis Palomino, Berat Djimsiti; Robin Gosens, Marten de Roon, Bosko Sutalo, Remo Freuler; Luis Muriel, Matteo Pessina, Duvan Zapata.