Memasuki gim kedua, situasi justru lebih sulit bagi Jonatan. Dia tertinggal cepat 0-4 dan kembali berada di belakang dengan skor 2-7 akibat permainan agresif Leong Jun Hao.
Namun, Jonatan menunjukkan ketenangan sebagai pemain papan atas dunia. Dia perlahan mengejar ketertinggalan hingga mampu membalikkan keadaan menjadi unggul 9-7.
Pertarungan semakin ketat setelah Leong Jun Hao menyamakan skor 10-10. Jonatan kemudian berhasil mengambil satu poin penting untuk menutup interval gim kedua dengan keunggulan tipis 11-10.
Selepas interval, Jonatan kembali mencoba menjauh dengan unggul 13-10. Namun, wakil Malaysia kembali memberikan tekanan dan membalikkan keadaan menjadi 16-14.
Situasi semakin menegangkan ketika Jonatan tertinggal 16-19. Dalam kondisi tertekan, dia mampu menunjukkan mental kuat dengan mencetak beberapa poin beruntun hingga menyamakan skor menjadi 19-19.
Momentum kemudian berpihak kepada Jonatan. Dia berhasil merebut dua poin berikutnya untuk berbalik unggul 20-19 sebelum memastikan kemenangan gim kedua dengan skor 21-19.
Pertandingan tersebut diselesaikan Jonatan dalam waktu 43 menit. Kemenangan ini membawa tunggal putra nomor satu dunia itu melaju ke babak 16 besar China Masters 2026 sekaligus menjaga peluang Indonesia meraih gelar di turnamen BWF Super 750 tersebut.