Namun, perjalanan Shin Tae-yong bersama Timnas Indonesia berakhir pada Januari 2025. PSSI memutuskan memecat dia di tengah perjuangan tim di putaran ketiga kualifikasi, keputusan yang mengejutkan publik sepak bola nasional.
PSSI kemudian menunjuk Patrick Kluivert sebagai pengganti. Akan tetapi, masa bakti legenda Belanda itu juga berlangsung singkat dan berujung hasil sama, gagal membawa Timnas Indonesia lolos ke Piala Dunia 2026.