Bersama Milan, Pirlo kembali menemukan bentuk permainan terbaiknya. Dia dididik dengan sempurna oleh Carlo Ancelotti. Pirlo dikenal sebagai pemain cerdik yang penuh ketenangan dalam mengatur irama permainan. Bakatnya mirip seperti Xavi Herandez di Barcelona atau Paul Scholes di Manchester United.
Tak cuma itu, Pirlo memiliki bakat spesial dalam hal tendangan bebas. Dia jadi andalan Milan ketika menghadapi situasi bola mati.
Bersama I Rossoneri, Pirlo meraih dua trofi Scudetto, satu Coppa Italia, satu Piala Super Italia, dua gelar Liga Champions, dua Piala Super Eropa, dan satu Piala Dunia Antar Klub. Dia kemudian melanjutkan kariernya ke Juventus setelah tidak mendapat kontrak baru dari Milan di musim 2011/2012.