Lahir di Sertaozinho, Sao Paulo, Brazil, Militao mulai bermain sepak bola di usia belia dengan bergabung bersama tim muda Sao Paulo FC pada tahun 2010.
Bersama tim Sao Paulo, pemain berusia 24 tahun itu cukup lama menimba ilmu. Baru pada tahun 2016, ia tercatat pertama kali dimasukkan dalam tim utama untuk Copa Paulista 2016.
Pada Januari 2017, ia kemudian resmi naik kasta dengan membela tim utama Sao Paulo. Selama bersama Sao Paulo, ia tercatat telah main sebanyak 37 kali dalam semua ajang dan berhasil membukukan 3 gol serta 1 assist.
Penampilan apiknya membuat klub asal Portugal, FC Porto, meliriknya dan langsung memboyongnya pada Agustus 2018. Meski hanya semusim bersama Porto, Eder Militao mampu tampil cemerlang.
Ia berhasil membukukan 5 gol dan 4 assist dalam 47 pertandingan yang dilakoninya. Hal itu merupakan catatan bagus untuk seorang pemain bertahan.
Oleh sebab itu, Real Madrid pun tak sungkan untuk memboyong sang pemain pada bursa transfer musim panas 2019.
Los Blancos berani mengucurkan dana sebesar 50 juta Euro atau sekitar Rp 868 miliar untuk memperoleh jasa Eder Militao.
Nilai tersebut tentu menjadi yang terbesar sepanjang kariernya. Padahal, usianya masih terbilang sangat muda. Hingga kini, tercatat bahwa Eder Militao telah membukukan 4 gol dan 3 assist dari 80 permainan yang dilakoninya bersama Real Madrid.