Di klub tersebut, Ederson sempat bermain 30 laga sebelum akhirnya direkrut Rio Ave pada musim berikutnya.
Tiga musim bersama Rio Ave, Ederson bermain 63 laga di semua kompetisi dan menuai decak kagum dari raksasa Portugal, Benfica.
Pada tahun 2015, Benfica akhirnya resmi membelinya untuk dimainkan di Benfica B terlebih dahulu dan menjadi murid Julio Cesar. Ederson kemudian sukses menjadi kiper utama Benfica sepanjang musim 2016/17 hingga ikut membawa the Eagles menjuarai Liga dan Piala Liga.
Di Benfica, Ederson telah menorehkan 62 penampilan dengan catatan 45 kebobolan dan 33 kali menyelamatkan gawang.
Ia dikenal sebagai kiper yang memiliki reflek dan distribusi yang sempurna. Ederson juga terkenal cepat tanggap terhadap bahaya hingga berani keluar dari sarangnya untuk menyapu segala hal yang membahayakan.