Ernando Ari lalu direkrut Persebaya Surayaba dan bermain di Elite Pro Academy Liga 1 U-16 2018. Nando kemudian masuk ke Garuda Select pertama pada 2019.
Pada Oktober 2018, Persebaya Surabaya mengumumkan kesepakatan Ernando untuk bergabung dengan klub tersebut.
Dan pada Januari 2019, Ernando resmi dipromosikan ke tim senior Persebaya Surabaya dan siap menjalani karir debutnya bersama tim tersebut di Liga 1 Indonesia, yang mana Nando telah bergabung dengan Persebaya U16 sejak musim lalu dan tampil di Elite Pro Academy Liga 1 U16 2018.
Ernando sebenarnya ingin bergabung di PSIS Semarang U16 karena ia lahir dan tumbuh di Semarang , sayangnya kuota pemain di klub tersebut penuh hingga Ernando tidak bisa bergabung. Akhirnya Ernando pun bergabung dengan Persebaya.
Ernando kemudian menjalani debut tim utama Persebaya pada 7 April 2021 sebagai starter pada laga melawan PSS Sleman di turnamen Piala Menpora 2021, Nando bermain di liga resmi pertamanya pada 4 September 2021 dengan kekalahan 1–3 melawan Kalimantan.