Timnas Indonesia gagal mempertahankan gelar pada SEA Games 1989. Namun, skuad Merah-Putih mampu membawa pulang medali emas, ketika mengalahkan Thailand pada final SEA Games 1991, lewat adu penalti.
Sayang, setelah itu Thailand mulai mendominasi. Timnas Indonesia lalu menjadi lawan pada SEA Games 1997 di Jakarta. Namun, mereka harus puas dengan medali perak.
Setelah itu, Timnas Indonesia absen dari final SEA Games selama beberapa edisi. Baru pada 2011 di Jakarta, skuad Garuda Muda kembali memperebutkan medali emas. Sayang, mereka harus mengakui ketangguhan Malaysia lewat adu penalti.
Peluang untuk merebut medali emas datang pada SEA Games 2012. Meski demikian, akhirnya Timnas Indonesia kembali harus puas dengan medali perak, usai kalah dari Thailand dengan selisih tipis, 0-1.
Timnas Indonesia kemudian berada di SEA Games 2019. Sayang, akhirnya mereka menyerah di tangan Vietnam dengan skor 0-3. Kini, Timnas Indonesia memiliki peluang merebut emas pada SEA Games 2023, saat melawan Thailand, Selasa (16/5/2023).
Rekor Indonesia di Final SEA Games:
Indonesia 0-1 Malaysia – SEA Games 1979
Indonesia 1-0 Malaysia – SEA Games 1987
Indonesia 0-0 (Adu Penalti 4-3) Thailand – SEA Games 1991
Indonesia 1-1 (Adu Penalti 2-4) Thailand – SEA Games 1997
Indonesia 1-1 (Adu Penalti 3-4) Malaysia – SEA Games 2011
Indonesia 0-1 Thailand – SEA Games 2013
Indonesia 0-3 Vietnam – SEA Games 2019