Pena mengawali karier kepelatihannya bersama tim CF Lorca Deportiva, UCAM Murcia CF dan tim junior Albacete. Dan pada April 2022, ia diangkat menjadi manajer klub India, FC Goa.
Lalu pada bulan Juni 2023, Pena menandatangani kontrak sebagai pelatih kepala baru Ratchaburi FC di Liga Thailand. Setahun berselang, ia pindah ke Indonesia untuk membesut Persija.
Sebagai pemain profesional, Pena pernah memperkuat tim seperti Barcelona C, Barcelona B, Albacete, Real Valladolid dan Getafe.