Perjalanan Amorim bersama MU berakhir dengan catatan mengecewakan. Dia membawa klub mencatat finis terburuk sepanjang sejarah Premier League, gagal meraih trofi Liga Europa setelah kalah dari Tottenham Hotspur di final, serta tersingkir dari Piala Liga Inggris oleh klub divisi empat Grimsby Town.
Salah satu keputusan yang paling banyak dikritik adalah keputusannya mempertahankan formasi 3-4-2-1 yang sebelumnya sukses saat dia menangani Sporting Lisbon. Namun, skema tersebut dinilai tidak sesuai dengan karakter pemain yang dimiliki MU.
Amorim sempat bersikeras mempertahankan sistem tersebut meski mendapat tekanan dari berbagai pihak. Dia baru mengubah pendekatan taktik saat menghadapi Newcastle United setelah periode Natal, dan perubahan itu langsung membantu MU meraih kemenangan.
Namun, keputusan tersebut dianggap terlambat. Amorim kemudian menjelaskan dirinya tidak ingin mengubah sistem hanya karena tekanan dari media.
"Ketika kalian (jurnalis) terus berbicara tentang perubahan sistem, saya tidak bisa mengubahnya karena para pemain akan memahami saya berubah karena kalian," ujar Amorim ketika masih menangani MU.