Nainggolan lahir dan besar di Belgia. Dia memiliki karier yang panjang di Liga Italia, termasuk pernah bermain untuk AS Roma hingga Inter Milan. Namun, Nainggolan memiliki darah Indonesia yang mengalir di tubuhnya.
Darah Indonesia itu berasal dari ayahnya yang bernama Marianus Nainggolan yang berasal dari suku Batak. Nainggolan sendiri tak membela Timnas Indonesia karena sudah menjadi bagian dari Timnas Belgia sejak 2009 silam.
Radja Nainggolan mencatatkan 30 caps bersama timnas berjuluk The Red Devils tersebut. Meski tak membela Garuda, dia dekat dengan Indonesia. Dia dipercaya untuk meramaikan Piala Dunia U-17 2023 yang digelar di Indonesia.