Natanael merupakan pemain pertama dari Sulut United yang bergabung dengan Timnas Indonesia. Dia dipanggil untuk mengikuti seleksi Timnas Indonesia dalam persiapan menghadapi SEA Games Filipina 2019.
Memperkuat Timnas Indonesia, membuat Natanael satu-satunya pemain yang pernah dipanggil untuk Timnas sepak bola dan futsal Indonesia.