MDL dan MPL memiliki perbedaan dalam sistem penyelenggaraan. MPL berlangsung selama 8 minggu, sedangkan MDL hanya 6 minggu.
Selain itu, MDL juga menjadi tempat uji coba sistem baru sebelum diterapkan di MPL. Jika sistem baru tersebut terbukti berhasil di MDL, maka akan diterapkan di MPL pada musim berikutnya.
MPL dan MDL memiliki perbedaan dalam jumlah peserta. MPL terdiri dari 8 tim, sedangkan MDL terdiri dari 14 tim. MPL menggunakan format franchise league yang mengharuskan tim melakukan investasi awal. Hal ini menyebabkan jumlah tim di MPL lebih sedikit.
Sementara itu, MDL memiliki sistem kualifikasi. Tim yang ingin mengikuti MDL harus melalui MDL Play untuk mendapatkan dua tiket lolos. Dua tim lolos tersebut akan bertarung melawan 12 tim MDL musim sebelumnya.
Hadiah MPL jauh lebih besar daripada MDL. MPL memiliki hadiah sebesar Rp4,5 miliar, sedangkan MDL hanya Rp300 juta. Hal ini wajar karena MPL merupakan turnamen profesional yang diikuti oleh para pemain terbaik di Indonesia.