Sebelum ditetapkan sebagai spesies tersendiri, cecak tersebut sempat diidentifikasi sebagai Cyrtodactylus marmoratus. Namun, penelitian lebih lanjut menggunakan pendekatan morfologi dan analisis DNA menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan dengan kerabatnya.
Salah satu indikatornya terlihat dari jarak genetik. Analisis terhadap gen mitokondria ND2 menunjukkan Cyrtodactylus merubetiriensis memiliki divergensi genetik sekitar 11,6 hingga 14,6 persen dari sejumlah kerabat Cyrtodactylus yang diketahui terdapat di Jawa.
Perbedaan tersebut kemudian diperkuat oleh karakter morfologi yang diamati oleh para peneliti. Kombinasi karakter fisik dan data molekuler menjadi dasar dalam penetapan cecak tersebut sebagai spesies baru.
Nama merubetiriensis merujuk pada lokasi ditemukannya spesies tersebut, yakni kawasan Taman Nasional Meru Betiri.
Penemuan ini juga menambah daftar spesies Cyrtodactylus yang diketahui terdapat di Pulau Jawa. Keberadaan spesies baru tersebut menunjukkan bahwa kawasan hutan Jawa masih menyimpan keanekaragaman hayati yang belum sepenuhnya terungkap.