Asal usul Topan Yagi dapat ditelusuri kembali pada 30 Agustus saat JMA melaporkan daerah bertekanan rendah telah terbentuk sekitar 540 km (330 mil) barat laut Palau. Daerah bertekanan rendah yang luas mulai terbentuk dan berkembang menjadi depresi tropis pada tanggal 31 Agustus.
Pusat Peringatan Topan Gabungan Amerika Serikat (JTWC) mengeluarkan peringatan pembentukan siklon tropis. Karena pusat sirkulasi tingkat rendahnya menjadi jelas dengan garis formatif di kuadran utaranya.
Beberapa jam kemudian, sistem tersebut diklasifikasikan sebagai depresi tropis 12W, menunjukkan konsolidasi sirkulasi tingkat rendah yang cepat, mendung padat pusat (CDO), dan pita konvektif dalam di setengah lingkaran barat, kemudian meningkat menjadi badai tropis dan diberi nama Yagi oleh JMA.
Pada 7 September, Topan Yagi terus mengalami reorganisasi dan dengan cepat meningkat lagi dengan pusat sirkulasi yang jelas dan konveksi yang sangat kuat. Ini dibuktikan dengan kumpulan besar puncak awan pada suhu -80 derajat celciusatau lebih dingin di bagian selatan di Haiphong dan Quang Ninh, Vietnam.
JTWC menggambarkannya sebagai topan bersejarah, menganggapnya sebagai salah satu topan paling hebat yang pernah melanda Vietnam utara.