Siluman buaya putih
Cerita mistis siluman buaya putih atau yang kerap disebut buaya buntung menjadi salah satu cerita yang paling terkenal di Sungai Ciliwung. Konon katanya siluman tersebut kerap meminta tumbal manusia, sehingga terdapat korban yang tenggelam saat berenang maupun sedang berada di pinggir sungai.
Dulunya di kawasan Sungai Ciliwung ada seorang warga keturunan Arab yang memelihara buaya. Akan tetapi buaya tersebut dibunuh oleh seseorang, sehingga akhirnya sering kali muncul penampakan yang berbentuk seperti siluman buaya putih dengan badan yang buntung.
Suara gamelan
Masyarakat yang tinggal di sekitar Sungai Ciliwung sering kali mendengar suara gamelan. Menurut kepercayaan masyarakat setempat, suara gamelan atau karinding (salah satu alat musik khas Sunda) menandakan ada sosok dari Kerajaan Pajajaran yang sedang bertapa di kawasan tersebut.
Noni Belanda bernama Marrie
Cerita tentang Noni Belanda bernama Marrie juga sangat terkenal. Marrie merupakan seorang gadis Belanda yang cantik dan dia hidup dalam kemewahan. Suatu ketika dia dan keluarga harus pindah ke Indonesia dan di sini Marrie bertemu dengan seorang laki-laki yang dia cintai. Namun sayangnya hubungan tersebut tak direstui oleh orang tua Marrie, hingga akhirnya laki-laki tersebut ditangkap dan disiksa sampai meninggal.
Kemudian, jasadnya dibuang ke Sungai Ciliwung. Mengetahui hal tersebut, Marrie sedih dan menyusul lelaki tersebut dengan bunuh diri dan melompat dari sungai ciliwung. Hingga saat ini Marrie kerap kali menampakkan diri dengan wajah yang sedih dan menjadi penunggu jembatan di aliran Sungai Ciliwung. Cerita mistis ini juga berkaitan dengan mitos hantu Noni Belanda di Jembatan Merah yang ada di Kebun Raya Bogor.
Sosok berwajah hitam
Sosok berwajah hitam juga kerap kali ditemui. Biasanya sosok tersebut seperti meminta pertolongan. Menurut masyarakat setempat, sosok tersebut layaknya seorang laki-laki yang berusia 20-25 tahun. Arwah tersebut menjadi gentayangan dan meminta pertolongan karena meninggal secara paksa dengan cara diseret oleh hantu siluman buaya putih.