Museum ini memiliki banyak sekali artefak dari zaman kolonial, arca-arca kuno, prasasti,dan barang barang kuno lain yang dikategorikan dalam bentuk etnografi, perunggu, prasejarah, keramik, tekstil, numismatik, relik sejarah, buku langka dan benda berharga. Hingga saat ini tercatat ada 140.000 koleksi yang dimiliki oleh Museum Nasional. Koleksi yang menarik adalah patung Bhairawa.
Patung yang tertinggi di Museum Nasional ini (414 cm) merupakan manifestasi dari Dewa Lokeswara atau Awalokiteswara, yang merupakan perwujudan Boddhisatwa (pancaran Buddha) di Bumi. Patung ini berupa laki-laki berdiri di atas mayat dan deretan tengkorak serta memegang cangkir terbuat dari tengkorak di tangan kiri dan keris pendek dengan gaya Arab di tangan kanannya. Diperkirakan, patung yang ditemukan di Padang Roco, Sumatera Barat ini berasal dari abad ke 13 - 14.
Tak hanya dari ragam koleksi, bentuk edukasi yang bisa pengunjung dapatkan di museum juga bisa didapatkan dari kegiatan yang dilaksanakan di sana. Bentuk kegiatan yang biasanya dilaksanakan di museum di antaranya adalah seminar, diskusi, pameran dengan tema khusus dan lokakarya.
Kegiatan ini tidak hanya memperkaya pengetahuan pengunjung, namun juga memberikan kesan tersendiri di setiap kunjungannya. Kegiatan yang cukup besar yang pernah dilaksanakan di Museum Nasional pada 2018 adalah Festival Panji Internasional.
Festival Panji Internasional dilaksanakan pada 27 Juni hingga 13 Juli 2018 di delapan kota di Indonesia (Denpasar, Surabaya, Malang, Blitar, Tulungagung, Kediri, Yogyakarta, dan Jakarta). Museum nasional menjadi tempat pelaksanaan di Jakarta sekaligus tempat pembukaan kegiatan ini.
Ternyata ada alasan mengapa masyarakat lebih mengenal dengan sebutan Museum Gajah daripada Museum Nasional. Hal itu karena terdapat patung gajah ikonik yang terletak persis di depan museum ini. Patung Gajah yang dibuat dari perunggu tersebut merupakan hadiah pemberian dari Raja Chulalongkorn yang berasal dari Thailand (d.h Siam) pada tahun 1871. Meskipun nama resmi lembaga ini adalah Museum Nasional Republik Indonesia, tetap saja masyarakat Indonesia khususnya warga Jakarta menyebutnya dengan Museum Gajah, patung ini yang menjadi maskot atau ikon dari museum tersebut.
Itulah seputar fakta menarik Museum Nasional yang memiliki koleksi unik.