1. Misteri Relief yang Tersembunyi
Borobudur adalah candi dengan arsitektur yang sangat rumit dan memiliki banyak relief atau ukiran patung. Jika pengunjung jeli, terdapat salah satu relief tersembunyi yang ditimbun tanah yang terletak di bagian paling bawah candi. Nama relief tersebut adalah ‘kamandhatu’.
Kamandhatu ini terdiri dari 160 relief yang melambangkan adegan ‘Sutra Karmawibhannga’ alias hukum sebab akibat. Ternyata bagian dari relief tersebut menggambarkan mengenai aktivitas terkait nafsu dan sifat buruk manusia seperti bergunjing, menyiksa, membunuh, hingga aktivitas seksual dengan berbagai posisi. Karena dianggap vulgar dan tak layak diperlihatkan, relief ini akhirnya ditimbun.
2. Misteri Arsitek!
Ini menjadi salah satu misteri terbesar dari keberadaan Candi Borobudur. Sebagai salah satu situs peninggalan sejarah masa lalu, tentu orang bertanya-tanya bagaimana bisa Candi Borobudur dibangun sedemikian megah, mengingat zaman dahulu tidak terdapat peralatan bangunan yang canggih seperti saat ini.
Pertanyaan lain yang mungkin hinggap di benak sebagian orang adalah siapakah sosok arsitek atau orang yang merancang bangunan Candi Borobudur. Jawaban atas pertanyaan tersebut adalah melalui kepercayaan dari masyarakat setempat meyakini, sosok yang membangun Candi Borobudur adalah ‘Gunadharma’, yang kemudian sosoknya dianggap menjelma menjadi Pegunungan Menoreh yang lokasinya masih berada di sekitar candi.
Adapun pemandangan Pegunungan Menoreh yang berada di Kawasan Gunung Ayamayam sekilas tampak seperti sosok yang sedang tidur di atas pegunungan, hal inilah yang diyakini oleh masyarakat setempat sebagai jelmaan sosok Gunadharma.