Uniknya, Gua Selarong yang digunakan sebagai persembunyian Pangeran Diponegoro ini memiliki ukuran yang cukup kecil. Bahkan sebetulnya tidak cocok jika diberi label gua. Bentuk Gua Selarong terbagi menjadi dua bagian yaitu Gua Kakung dan Gua Putri.
Kedalaman dua gua ini hanya 1,5 meter. Gua Kakung yang ditempati Pangeran Diponegoro dan pasukannya memiliki lebar 2 meter dan Gua Putri yang digunakan untuk istri Pangeran Diponegoro, R.A Ratnangingsih memiliki ukuran 3 meter persegi.
Di Gua Selarong dibentuk beberapa batalyon yang dipimpin oleh Ing Ngabei Joyokusumo, Pangeran Prabu Wiromenggolo, dan Sentot Prawirodirjo dengan pakaian dan atribut yang berbeda. Sepanjang Juli 1825 hampir seluruh pinggiran kota diduduki oleh pasukan Diponegoro.
Markas besar Pangeran Diponegoro di Gua Selarong dipimpin oleh lima serangkai yang terdiri dari Pangeran Diponegoro sebagai ketua markas, Pangeran Mangkubumi merupakan anggota tertua sebagai penasihat dan pengurus rumah tangga, Pangeran Angabei Jayakusuma sebagai panglima pengatur siasat dan penasihat di medan perang, Alibasah Sentot Prawirodirjo yang sejak kecil dididik di Istana dan setelah perang Diponegoro bergabung dengan Pangeran Diponegoro dan Kyai Modjo sebagai penasihat rohani pasukan Pangeran Diponegoro.
Pada 7 Agustus 1825, pasukan Diponegoro dengan kekuatan sekitar 6.000 orang menyerbu negara Yogyakarta dan berhasil merebutnya dari Belanda. Meski demikian, Pangeran Diponegoro tidak menduduki Kota Yogyakarta, hanya saja Sultan Hamengkubuwono V berhasil diselamatkan dan diamankan di Benteng Vredeburg dengan pengawalan ketat dari keraton.