Bangunan utama masjid ini terdiri atas lima lantai dan satu lantai dasar. Bangunan utama itu dimahkotai satu kubah besar berdiameter 45 meter yang ditopang 12 tiang besar. Minaret tunggal setinggi total 96,66 meter menjulang di sudut selatan selasar masjid. Masjid ini mampu menampung lebih dari 200.000 Jemaah.
Ada yang menarik dari Masjid Istiqlal yakni terowongan silaturahmi. Dikutip dari laman resmi Kemenag, Terowongan Silaturahmi di Masjid Istiqlal dibangun pada 2020 untuk menghubungkannya ke Gereja Katderal. Terowongan tersebut tidak hanya sebagai simbol kerukunan umat, tapi juga keberlanjutan peradaban.
Terowongan Silaturahmi dibangun dengan panjang 33,8 meter, tinggi 3 meter, lebar 4,5 meter, dan total luas terowongan sebesar 339,97 meter persegi. Jarak terdekat pintu masuk dengan Gereja Katedral adalah 32 meter. Sementara jarak terdekat dengan gerbang Masjid Istiqlal adalah 16 meter.
Bangunan ini pembangunannya dimulai pada 15 Desember 2020 dan menggunakan anggaran sebesar Rp 37,3 miliar. Arsitektur terowongan tersebut mengadopsi gaya modern dengan eksterior menggunakan material transparan.
Selain itu, terowongan tersebut dihiasi dengan galeri diorama yang menjelaskan tentang hubungan toleransi antar umat beragama di Indonesia. Diorama ditampilkan dalam bentuk relief maupun media elektronik dan disesuaikan dengan tema yang diangkat. Di masing-masing pintu masuk, pengunjung akan disuguhi dengan kutipan mengenai pentingnya silaturahmi dari sisi Islam maupun Katolik.
Pada 2019 Masjid Istiqlal melalukan pemugaran besar-besaran. Pemolesan hingga membersihkan eksterior marmer dan ornamen geometris stainless steel, mihrab dan mimbar baru pun dilakukan. Selain itu ada juga pembangunan taman baru dan alun-alun, kios untuk pedagang, serta ruang parkir basemen dua lantai.
Masjid terbesar di Asia Tenggara ini menjadi salah satu tempat yang cukup ikonik di Ibu Kota. Khususnya bagi umat Islam yang hendak berwisata religi. Para pengunjung dapat berkunjung setiap harinya mulai dari pukul 03.30WIB hingga 22.00 WIB.