Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah fauna Indonesia bagian tengah di antaranya adalah
Mamalia, meliputi anoa, babi rusa, ikan duyung, monyet hitam, kuskus, beruang tarsius, monyet saba, kuda, sapi, dan banteng.
Reptil, meliputi biawak, buaya, kura-kura, ular dan reptil raksasa khas Indonesia yaitu Komodo.
Amfibia, meliputi katak air, katak pohon, dan katak terbang.
Berbagai macam burung, meliputi burung dewata (burung cendrawasih), maleo, mandar, raja udang, burung pemakan lebah, rangkong, kakatua, nuri, dan merpati.
Wilayah fauna Indonesia bagian Timur atau wilayah fauna Tanah Sahul meliputi wilayah Papua dan pulau-pulau kecil di sekitarnya. Garis paling barat hewan bercorak Australis dikenal dengan nama Garis Lydekker.