Praktik masyarakat setempat yang memanjat stupa untuk menyentuh Buddha demi keberuntungan juga menjadi masalah. Sebab, batu tersebut perlahan-lahan mulai terkikis. Alhasil, praktik tersebut dihentikan pada 2019 setelah kepala bayi tersangkut di kisi-kisi batu dan stupa harus dibuka.
Peraturan dan regulasi baru di Candi Borobudur ini bertujuan untuk melestarikan kuil dan kekayaan sejarah serta budaya. Kompleks candi juga dibatasi untuk 1.200 pengunjung setiap hari dan 150 pengunjung per jam, dalam slot waktu delapan jam. Tarif masuknya meningkat dari tarif sebesar 25 dolar AS menjadi 90 dolar AS (sekitar Rp1,4 juta) untuk wisatawan asing dan sekitar 50 dolar AS untuk wisatawan domestik.
Selain itu, pengunjung juga diberikan sandal bambu model flip-flop untuk dipakai dan harus dikawal oleh pemandu yang berasal dari masyarakat setempat.