Lokasi Giri Kedaton berada di puncak bukit dengan ketinggian 200 mdpl. Sunan Giri mendirikan bangunan ini hingga tujuh tingkat. Menapaki seluruh undakan menuju puncak tidak terlalu melelahkan. Kondisi undakannya masih cukup baik untuk ditapaki. Di sebelah kiri-kanan undakan terdapat rumah-rumah penduduk yang cukup padat.
Giri Kedaton kini tinggal puing-puingnya saja. Hanya tersisa berupa trap-trapan yang susunan batu batanya masih terlihat rapi. Terdapat bekas kolam yang diduga tempat wudu para santri pada zaman dulu. Cungkup-cungkup kuburan tua pun masih terlihat.
Di tengah-tengah puncak terdapat masjid yang merupakan bangunan baru. Masjid dan beberapa bangunan yang ada di Giri Kedaton bukan bangunan asli. Saat ditemukan dulu, lokasi ini hanya berupa lahan kosong.
Kendati bukan bangunan asli, Giri Kedaton tetap memiliki daya tarik luar biasa. Hingga sekarang, banyak warga yang berdatangan untuk berkunjung ke sini. Baik untuk sekadar berfoto atau berziarah ke makam Raden Supeno yang berada di belakang masjid.