Adapun sejarah Gua Kiskendo dijelaskan di papan reklame yang ada di dekat pintu masuk gua. Dijelaskan di sana, Gua Kiskendo terletak di Kelurahan Jatimulyo, Kapanewon Girimulyo, Kulonprogo.
Gua ini pertama kali ditemukan pada 1820. Gua Kiskendo berjarak 38 km ke barat dari Yogyakarta dan 21 km ke arah utara dari pusat Kota Wates.
Berdasar mitos pewayangan, Gua Kiskendo merupakan tempat pertempuran antara Mahesa Sura yang merupakan raja dari kerajaan Kiskendo dan patihnya, Lembu Sura, melawan Subali dan Sugriwa, wanara kakak beradik yang diperintahkan para dewa untuk merebut Dewi Toro, seorang dewi cantik yang diculik oleh Mahesa Sura.
Gua Kiskendo ini mulai dibuka resmi menjadi destinasi wisata oleh Dinas Pariwisata Daerah Istimewa Yogyakarta pada 1987. Pengelolaaan gua yang memiliki kedalaman 1,5 km di dalam perut bumi ini diserahkan ke Dinas Pariwisata Kulonprogo pada 2005.
Di kawasan Gua Kiskendo terdapat satu amphiteater yang biasa digunakan untuk mementaskan sendratasi kolosal Sugriwa-Subali. Sendratari topeng ini dipentaskan sebanyak 10 kali dalam setahun.