Sejarah Stasiun Manggarai, Masa Kolonial Belanda hingga Era Modern
Stasiun ini lalu menjadi titik persimpangan lintas kereta api yang menghubungkan Tanah Abang-Duri, Batavia-Gambir, Meester Cornelis (Jatinegara)-Bekasi, Depok-Bogor, dan jalur cabang menuju eks-Stasiun Meester Cornelis NIS (sekarang Dipo Bukit Duri).
Stasiun Manggarai kini menjadi bangunan cagar budaya dan terdaftar di situs Kemendikbud dengan Nomor SK : 011/M/1999. Stasiun ini memiliki kanopi kayu yang khas di peron lama.
Desain asli kanopi seharusnya baja cor yang diimpor langsung dari Eropa. Namun, karena material baja kanopi tidak tersedia di pabriknya akibat Perang Dunia I (1914-1918), pesanan dibatalkan.
Stasiun Manggarai di Masa Perjuangan
Stasiun Manggarai juga menjadi saksi perjuangan bangsa Indonesia. Stasiun Manggarai menjadi awal keberangkatan rombongan Presiden Soekarno ketika pemindahan ibu kota sementara dari Jakarta ke Yogyakarta pada 4 Januari 1946.
Panglima Besar Jenderal Soedirman juga pernah singgah di Stasiun Manggarai untuk menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta dengan Belanda. Kedatangan sang Panglima dan rombongan di Stasiun Manggarai pada Jumat 1 November 1946 disambut sorak sorai rakyat Indonesia.