Akibat insiden tersebut, Direktorat Jenderal Perhubungan Udara Kementerian Perhubungan (Kemenhub) memberikan teguran keras kepada Batik Air dan akan melakukan investigasi secara khusus terkait insiden pilot dan kopilot tertidur bersamaan saat melakukan penerbangan.
Menurut Ditjen Perhubungan Udara Kemenhub, maskapai perlu memperhatikan waktu dan kualitas istirahat pilot dan awak pesawat lainnya yang mempengaruhi kewaspadaan dalam penerbangan.
Kru pesawat telah bersiap sejak 01.25 WIB, di mana penerbangan pertama dari Jakarta dijadwalkan berangkat pada 02.55 WIB. Selama persiapan penerbangan, kopilot mengabarkan pilot bahwa dia kurang istirahat.
Menurut laporan KNKT, pesawat berangkat dari Jakarta ke Kendari pada pukul 20.14 Universal Time Coordinated (UTC) atau 03.14 WIB. Selama penerbangan, pilot mempersilakan kopilot untuk istirahat. Kemudian, kopilot beristirahat di kokpit dan tidur sekitar 30 menit.
Pesawat tiba di Kendari pukul 23.11 UTC atau 07.11 WITA. Namun, ATC mengabarkan bahwa cuaca di bawah standar dan bandara belum buka. Setelah bertahan selama 30 menit di udara, pesawat mendarat di Kendari pukul 07.11 waktu lokal.
Lalu, pesawat terbang dari Kendari untuk kembali ke Jakarta pada pukul 00.05 UTC atau 08.05 WITA. Namun, dalam penerbangan kali ini, pilot bertindak sebagai pilot monitoring (PM) dan kopilot yang sebelumnya sudah tidur bertindak sebagai pilot flying (PF).
Kemudian, pada pukul 00.37 UTC atau 08.37 waktu lokal kedua kru kokpit itu melepas headset mereka dan volume loudspeaker kokpit dikencangkan. Pilot pun meminta izin ke kopilot untuk istirahat dan izin diberikan. Setelah pilot tertidur, kopilot kemudian mengambil alih tugas.
Pilot sempat terbangun pada pukul 01.22 UTC atau 09.22 WITA dan menawarkan kopilot untuk bergantian tidur. Namun, kopilot menjawab bahwa dia tidak ingin istirahat. Setelah berbincang sekitar 30 detik, pilot kemudian melanjutkan tidurnya.
Dalam kesempatan tersebut kopilot bertindak sebagai PF dan PM sekaligus. Dia pun sempat meminta Pusat Kontrol Area atau Area Control Center (ACC) Makassar untuk terbang menuju 250 derajat. ACC Makassar menginstruksikan pesawat untuk menghubungi ATC Jakarta atau ACC Jakarta.
Setelah itu kopilot berkomunikasi dengan ACC Jakarta dan ACC memberikan instruksi arah terbang pesawat. Namun, kopilot tertidur setelah 10 detik setelah berkomunikasi dan mengikuti instruksi ACC Jakarta pada 01.43 UTC. Sekitar 12 menit setelah transmisi rekaman terakhir dengan kopilot atau pukul 01.56 UTC, ACC Jakarta bertanya ke pesawat dan tidak mendapatkan respons dan diduga keduanya tidur.
Lalu, pada pukul 01.57 UTC atau 08.57 WIB ACC Jakarta kembali bertanya ke pilot dan kopilot namun kembali tak mendapat respons. Pada 02.11 UTC atau 09.11 WIB pilot dan kopilot terbangun dari tidur dan sadar bahwa pesawat sudah tidak lagi berada di jalur penerbangan yang benar.
Pada kesempatan tersebut pilot terbangun terlebih dahulu dan kemudian melihat kopilotnya tertidur dan membangunkannya. Pilot sempat memberitahu ACC Jakarta bahwa pesawatnya mengalami masalah radio komunikasi dan saat ini masalah itu sudah tertangani. Pesawat kemudian terbang dan mendarat di Jakarta dengan lancar.
Untuk diketahui, pilot dan kopilot yang tertidur ini merupakan kru yang sama mengoperasikan penerbangan Jakarta-Kendari pada pagi harinya. Penerbangan itu dijadwalkan berangkat pada pukul 02.55 waktu setempat dan mereka harus login pada pukul 01.25.