Kuntjoro mengumumkan pengunduran dirinya sebagai Direktur Pemeliharaan dan Perbaikan PT PAL Indonesia. Dia berharap polemik soal dirinya dihentikan sehingga kondisi BUMN ke depan bisa kembali kondusif.
Dia juga menepis tudingan soal isu dirinya pendukung Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) dan ISIS meski dia pernah mendaftar sebagai calon anggota legislatif (caleg) Partai Keadilan Sejahtera (PKS) pada tujuh tahun silam.
"Bagi saya pribadi, tudingan bahwa saya pendukung ISIS dan HTI sama sekali tidak bisa saya terima. Saya memang pernah menjadi calon legislatif PKS dalam Pemilu 2014 di daerah pemilihan Jawa Tengah. Setelah gagal terpilih, saya mundur dari partai tersebut dan kembali ke dunia akademis dan bisnis sesuai bidang keahlian saya," kata Kunjtoro.