Kemudian, saat Ketika Presiden Megawati Soekarnoputri memegang kendali negara, harga BBM yang semula Rp1.450 per liter, melambung menjadi Rp1.550 per liter. Pada tahun 2003, harga BBM kembali melonjak menjadi Rp1.800 per liter.
Masuk ke masa pemerintahan Presiden Soesilo Bambang Yudhoyono (SBY), harga BBM tercatat mengalami kenaikan sebanyak 3 kali. Di masa awal pemerintahannya, SBY menaikkan harga BBM menjadi Rp1.820 per liter. Lalu naik lagi menjadi Rp2.400 pada 1 Maret 2005. Selang 7 bulan, SBY memutuskan harga BBM naik, yaitu jadi Rp4.500 per liter.
Harga BBM di masa SBY cukup fluktuatif. Terutama, menjelang akhir masa jabatannya. Pada tahun 2008, misalnya, harga BBM meningkat menjadi Rp8.000 per liter. Kemudian, turun menjadi Rp5.000 per liter di tahun yang sama.
Memasuki tahun 2009, harga BBM kembali mengalami penurunan menjadi Rp4.500 per liter. Akan tetapi, kembali melonjak di tahun 2013 ke level Rp6.500 per liter.
Mengutip data yang dipublikasikan dalam laporan Pusat Studi Strategis dan Internasional (CSIS) bertajuk Perjalanan Reformasi Ekonomi Indonesia 1997-2016, Jokowi merupakan presiden yang tergolong berani melakukan reformasi radikal. Dirinya secara signifikan memotong subsidi BBM demi mengurangi beban fiskal yang ada.