Dikatakan Jubir Endra, dalam pengembangannya, Labuan Bajo harus mampu mempertahankan identitas lokal. "Pembangunan harus memperhatikan kearifan lokal sebagai prasyarat agar Labuan Bajo tetap unik, berbeda dari tempat wisata lain di dunia," sambungnya.
Labuan Bajo bisa menjadi model pengembangan destinasi wisata di tempat lain, yakni dengan membenahi ruang publik terlebih dahulu, seperti marina, pedestrian, jalan, pasar, homestay, dan lain-lain untuk berbagai acara (event).
Sejak 2020 hingga 2023, lingkup pekerjaan yang dilakukan di Kawasan Labuan Bajo oleh Kementerian PUPR meliputi:
- Pembangunan marina
- Pembangunan jalan kota dan kawasan (arah Waecicu dan Golo Mori)
- Penataan kawasan Puncak Waringin dan Goa Batu Cermin
- Penataan Pulau Rinca
- Pembangunan Tempat Pemrosesan Akhir Sampah (TPAS)
- Instalasi Pengolahan Air Bersih (IPA) Waemese
- Embung Anak Munting
- Mako Polres Manggarai Barat
- Penataan Promenade Marina Labuan Bajo Zona 4
- Penataan jalan dan trotoar Sp. Binongko
– Sp.Silvia (Jl. Waecicu)
- Penataan median Jalan Yohanes Sehadun (depan Bandara Komodo).
Sedangkan pekerjaan yang dilakukan di KEK Tana Mori meliputi pembangunan Roundabout Beach Club, Shelter Dermaga, pemasangan geomat pada koridor jalan Kawasan Tana Mori, penataan bundaran pintu masuk Kawasan ITDC, dan perkuatan lereng dan stabilisasi tanaman pada ruas jalan Labuan Bajo–Golo Mori yang telah diresmikan Presiden Jokowi pada 14 Maret 2023 lalu.