Pukul 12.46 WIB, Pusat Kendali mendapatkan informasi dari Ka. UPT Resor Jalan Rel 6.3 Wates bahwa lokasi aman untuk dilalui dan informasi tersebut kemudian diteruskan ke masinis KA PLB 571A bahwa kecepatan di jalur hilir Km 520+4 normal.
Pukul 12.54 WIB, KA 571A melewati jalur hilir di Km 520+4 dan masinis KA 571A merasakan goyangan keras. Informasi goyangan keras tersebut kemudian dilaporkan ke Pusat Kendali dan Pusat Kendali meneruskan informasi ini ke Kepala UPT Resor Jalan Rel 6.3 Wates. Informasi adanya goyangan keras disampaikan oleh Pusat Kendali kepada masinis KA 17 (Argo Semeru) yang berada di stasiun Yogyakarta.
Pukul 13.03 WIB, masinis KA 17 kembali mendapatkan informasi dari Pusat Kendali bahwa terdapat goyangan keras pada jalur hilir Km 520+4 dimana jalur dapat dilewati dengan kecepatan normal tetapi disarankan untuk berhati-hati.
Pada pukul 13.15 WIB, KA 17 mengalami anjlokan di jalur hilir Km 520+4 petak jalan Sentolo-Wates. Pada pukul 13.16 WIB, pada arah berlawanan terdapat KA 6 (Argo Wilis) yang sedang melintas di jalur hulu menuju stasiun Sentolo. KA 6 tersebut menabrak KA 17 yang telah mengalami anjlokan di jalur hilir Km 520+4 petak jalan Sentolo-Wates.