Pada 2009, Darwin dipercaya menjabat sebagai Menteri ESDM dalam Kabinet Indonesia Bersatu II di bawah kepemimpinan Presiden SBY. Setelah menyelesaikan masa jabatannya pada 2011, Darwin kembali aktif di dunia akademis dan berbagai kegiatan lainnya.
"Kepergian Dr. Darwin Zahedy Saleh meninggalkan kesan mendalam bagi banyak pihak. Beliau dikenal sebagai sosok yang berdedikasi tinggi dalam bidang energi dan pendidikan. Semoga amal ibadah beliau diterima di sisi-Nya, dan keluarga yang ditinggalkan diberikan ketabahan," bunyi keterangan tersebut.