Setelah lulus, dia bergabung dengan divisi musik Virgin Group di bagian keuangan departemen audit. Setelah kembali ke Malaysia, dia menjadi wakil presiden regional Asia Tenggara untuk Warner Music.
Pada 2001, Tony menggunakan Tune Berhard sebagai kendaraannya dalam akuisisi AirAsia, yang saat itu merupakan anak perusahaan dari konglomerat DRB-Hicom yang dikendalikan pemerintah. Dengan dukungan dari pemerintah Malaysia, dia membeli maskapai penerbangan yang saat itu memiliki banyak utang.
Bekerja sama dengan Kamarudin Meranun, Tony merehabilitasi maskapai dalam waktu satu tahun dengan melunasi utangnya. Dia kemudian, membuat AirAsia sukses dan mencatatkan saham perdana atau IPO pada 2004.
Dengan tambahan modal, maskapai memperluas jumlah rute dan pada saat yang sama mendirikan anak perusahaan serta afiliasi di Thailand, Filipina, Indonesia, India, Vietnam, China, dan Jepang. Setelah itu, juga membentuk AirAsiaX untuk mengangkut penumpang dalam jarak jauh.
Tony Fernandes telah melakukan diversifikasi ke bisnis lain seperti hotel, telekomunikasi, jasa keuangan, olahraga, media, dan industri kreatif. Dia kini berambisi menjadikan AirAsia sebagai perusahaan penyedia superapp.
Pada Juni lalu, AirAsia meluncurkan layanan dompet digital atau e-wallet bernama AirAsia Pocket, yang baru tersedia di Malaysia. Layanan ini memperketat persaingan maskapai penerbangan tersebut dengan superapp lainnya, seperti GoTo dan Grab.