Peserta yang ingin mendaftarkan diri pada program Motis Nataru dilakukan secara online laman motis.djka.kemenhub.go.id atau dapat dilakukan di posko pendaftaran yang ditunjuk dengan memenuhi persyaratan sebagai berikut:
1. Satu peserta harus memiliki KTP, Kartu Keluarga, SIM C.
2. Motor dengan kapasitas mesin maksimal 200 cc.
3. Satu motor dapat difasilitasi pembelian 2 tiket penumpang dan satu tiket infant (anak umur dibawah 3 tahun) dengan ketentuan berlaku.
Peserta yang sudah berhasil mendaftar secara online wajib melakukan verifikasi ke posko, sesuai dengan waktu verifikasi yang telah dipilih pada saat mendaftar, untuk menghindari terjadinya penghapusan pendaftaran secara otomatis.
Sepeda motor diserahkan H-2 atau dua hari sebelum tanggal keberangkatan sepeda motor dan peserta akan mendapatkan kode booking. Adapun saat penyerahan sepeda motor, Peserta wajib menunjukkan KTP Asli pendaftar dan bukti pendaftaran.