Kereta khusus bandara ini akan menggunakan kereta yang kini dipakai untuk Solo express. Namun nantinya kereta api reguler juga akan berhenti di Wojo. Sehingga ada beberapa jenis kereta api yang terintegrasi dengan bandara NYIA. “Ini nanti akan menjadi bandara besar yang bisa menampung 24 juta penumpang,” ujarnya.
Moda kereta api merupakan salah satu akses menuju bandara. Selain itu, ada jalur nasional dan jalur lingkar selatan yang menghubungkan kabupaten/kota di sekitar DIY. Jalur nasional akan dilebarkan dari semula empat lajur menjadi enam lajur, sehingga setiap sisi ada tiga lajur.
Adapun jalur lingkar selatan akan dibangun di sepanjang pesisir selatan Jawa. Jalur ini akan dimulai dari Cilacap, Jawa Tengah hingga Pacitan, Jawa Timur. Sejumlah kabupaten/kota yang akan dilalui yaitu Imogiri, Wonosari, Bantul, Gunung Kidul, Kulon Progo, Purworejo, dan Kebumen.