Di samping itu, Kementerian PUPR juga tengah tengah menyelesaikan pembangunan jalan tol dari Balikpapan ke kawasan IKN Nusantara. Hal ini untuk mempersingkat waktu tempuh dari Balikpapan ke IKN Nusantara yang saat ini sekitar 2 jam.
Jalan tol ini terhubung dengan Jalan Tol Balikpapan-Samarinda (Balsam), sehingga nanti setelah tersambung, diperkirakan waktu tempuh hanya sekitar 30-45 menit.
Pembangunan Jalan Tol IKN saat ini sudah berjalan 3 seksi, yakni Seksi 3A Karangjoang-KKT Kariangau sepanjang 13,4 km dengan progres 26,4 persen, Seksi 3B KKT Kariangau-Simpang Tempadung sepanjang 7,3 km dengan progres 40,2 persen, dan Seksi 5A Simpang Tempadung-Jembatan Pulau Balang sepanjang 6,7 km dengan progres 60,2 persen. Ketiga seksi ini ditargetkan rampung pada pertengahan tahun 2024.