Seperti diberitakan sebelumnya, keputusan untuk mundur dari jabatan Direktur PT PAL dilakukan Kuntjoro setelah dirinya dikaitkan dengan isu pendukung gerakan radikalisme dan pemulangan eks-ISIS.
Kuntjoro mengaku, isu keterlibatan dirinya dengan gerakan radikalisme di Indonesia yang dibahas di sosial media sangat mengganggu keamanan anggota keluarganya. Karena itu, dia memilih untuk mengundurkan diri untuk menjaga tekanan negatif yang terjadi di internal keluarganya.
"Isu yang beredar di sosial media sangat mengganggu saya dan keluarga. Saya memilih mengundurkan diri dari pada keluarga saya tertekan," tutur Kuntjoro.
Padahal, lelaki lulusan S1 dari Delf University of Technology Belanda itu menegaskan, dia dan keluarganya tak berafiliasi dengan gerakan ekstrimis mana pun.
Pada 2014, dia hanya menggunakan Partai Keadilan Sejahtera (PKS) sebagai kendaraan politik dalam pemilihan anggota legislatif atau DPR. Usai pesta demokrasi itu, Kuntjoro mengaku tak lagi terlibat.