Mekanisme pendaftaran Vaksinasi Gotong Royong ada di bawah kontrol Kementerian Kesehatan serta dilaksanakan oleh Kadin dan Bio Farma. Bagi perusahaan yang sudah mendaftar maka akan terakselerasi jadwal vaksinasinya, sedangkan yang tidak mendaftar harus ikut penjadwalan dari program Pemerintah.
Pemerintah juga sudah bekerja sama dengan beberapa fasilitas kesehatan di berbagai daerah, baik yang bekerja sama dengan korporasi maupun RS swasta.