Suahasil Nazara menjadi PNS sebagai dosen pada Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Indonesia (FEB-UI) sejak 1999, dan pada tahun 2009 mendapatkan gelar Guru Besar (Profesor) di bidang Ilmu Ekonomi. Di lingkungan FEB-UI, Suahasil pernah menjadi Kepala Program Studi Pascasarjana Ilmu Ekonomi (2004-2005), Kepala Lembaga Demografi (2005-2008), dan Ketua Departemen Ilmu Ekonomi (2009-2013).
Pernah menjadi anggota Tim Asistensi Menteri Keuangan bidang Desentralisasi Fiskal (2009-2011). Suahasil juga aktif di Ikatan Sarjana Ekonomi Indonesia (ISEI) sebagai pengurus, dan juga pernah memegang jabatan Wakil Ketua Komite Pengawas Pelaksanaan Otonomi Daerah (KPPOD) pada periode 2009-2015. Jabatan lain yang pernah didudukinya adalah Koordinator Pokja Kebijakan di Sekretariat Tim Nasional Percepatan Penanggulangan Kemiskinan (TNP2K) pada Kantor Wakil Presiden RI (2010-2015), serta menjadi Anggota Dewan Komite Ekonomi Nasional (KEN) pada 2013-2014.
Sejak tanggal 6 Februari 2015 menjalankan tugas sebagai Pelaksana Tugas Kepala Badan Kebijakan Fiskal, dan pada tanggal 31 Oktober 2016 dilantik oleh Menteri Keuangan sebagai pejabat definitif Kepala Badan Kebijakan Fiskal, Kementerian Keuangan.