Namun, Tom juga tidak menampik adanya perbedaan visi, terutama di periode kedua pemerintahan. "Sayangnya, periode kedua masih sangat terfokus kepada hardware, kepada infrastruktur, industri. Sehingga mungkin ya, hemat kami, aspek kesehatan, pendidikan itu agak terbengkalai," jelasnya.
Tom Lembong akhirnya berpisah jalan dengan pemerintahan setelah tidak lagi menjabat Kepala BKPM pada November 2019. Ia kemudian melanjutkan perannya sebagai penasihat ekonomi untuk Anies Baswedan saat masih menjabat sebagai Gubernur DKI Jakarta, sebelum akhirnya bergabung dalam upaya pencalonan Anies sebagai presiden.