Kementerian Kesehatan menjalankan program CKG Sekolah bekerja sama dengan beberapa pihak, termasuk dengan Kementerian Pendidikan Dasar dan Menengah, Kementerian Agama, Kementerian Sosial, dan Kementerian Dalam Negeri.
Bahkan, dilibatkan juga kantor komunikasi presiden. Selain itu, program CKG Sekolah bisa terlaksana karena semua tenaga medis dan tenaga kesehatan yang ada di 10 ribu puskesmas, 60 ribu lebih dari puskesmas pembantu.