Marie Thomas lulus dari STOVIA pada tahun 1922 sebagai dokter wanita pertama di Hindia Belanda dengan gelar Indisch Arts (dokter Hindia). Kelulusan Marie Thomas sebagai dokter wanita pertama di Hindia Belanda menjadi berita di surat kabar di Belanda.
Setelah lulus dari STOVIA, Marie Thomas memulai praktiknya di rumah sakit yang dulunya bernama STOVIA, yang sekarang dikenal sebagai Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo.
Marie Thomas kemudian pindah ke berbagai kota di Indonesia, termasuk Medan, Padang, dan Manado.
Setelah pindah ke berbagai kota di Indonesia, Marie Thomas kembali ke Jakarta dan bekerja di Rumah Sakit Budi Kemulian, sebuah rumah sakit bersalin yang didirikan oleh Yayasan Sovia.
Yayasan SOVIA (Studiefonds voor Opleiding van Vrouwelijke Inlandsche Artsen)adalah perkumpulan yang memberikan beasiswa bagi calon dokter perempuan Indonesia, termasuk Marie Thomas.