Imam Bukhari menyerahkan segala urusannya kepada Allah جل جلاله .Allah lah Yang Maha mengetahui keadaan hamba-hamba-Nya. Sebab beliau tidaklah menyimpan ambisi kedudukan maupun kepemimpinan sama sekali.
Imam Bukhari berlepas diri dari tuduhan yang dilontarkan oleh orang-orang yang hasad kepadanya. Suatu saat, Muhammad bin Nashr al-Marwazi menceritakan: Aku mendengar dia -Bukhari mengatakan, “Barangsiapa yang mendakwakan aku berpandangan bahwa Al-Qur’an yang aku lafalkan adalah makhluk, sesungguhnya dia adalah pendusta. Sesungguhnya aku tidak berpendapat seperti itu".
Setelah keluar dari Naisabur, Imam Bukhari pergi ke Khartank, sekitar 2 farsakh atau sekitar 12 km dari Samarkand. Di sana, Imam Bukhari tinggal di rumah saudaranya. Sampai akhirnya beliau jatuh sakit.
Sehingga suatu malam, Imam Bukhari berdoa kepada Allah. "Ya Allah, sesungguhnya telah sempit bagiku dunia yang sebenarnya luas. Maka ambillah nyawaku".
Imam Bukhari wafat pada usia 62 tahun kurang 13 hari pada Jumat malam, bertepatan dengan malam Idul Fitri. Beliau dikebumikan setelah shalat dzuhur pada tahun 256 Hijriah di Desa Khartank yang terletak dekat dengan Samarkand yakni kini dikenal dengan Uzbekistan.
Itulah kisah Imam Bukhari difitnah dan diusir hingga membuatnya jatuh sakit dan wafat.