Selain penguatan struktural, Menag juga memaparkan peran Kemenag dalam meningkatkan kesejahteraan santri melalui program pemerintah, seperti Program Cek Kesehatan Gratis (CKG) dan Makan Bergizi Gratis (MBG). Program-program ini, kata Menag, memastikan negara hadir untuk mendukung santri agar tumbuh sehat, kuat, dan bersemangat dalam menuntut ilmu.
Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB): Selama dua dekade (2005–2025), sebanyak 7.973 santri telah menerima beasiswa penuh dari PBSB. Para alumni kini berkiprah sebagai profesional (dokter, dosen, peneliti) dan penggerak sosial di berbagai daerah.
Kemandirian Ekonomi Pesantren: Kemenag telah menyalurkan bantuan inkubasi bisnis senilai Rp499,55 miliar kepada 4.186 pesantren (2021–2024), yang berhasil melahirkan 1.052 Badan Usaha Milik Pesantren (BUMP).
Koperasi Pesantren: Saat ini, tercatat 2.347 koperasi pesantren telah berdiri dan beroperasi, menjadikannya penggerak penting ekonomi umat di tingkat daerah.