Isi perjanjian sama dengan yang sebelumnya, tetapi jumlah peserta yang memeluk agama Islam semakin banyak. Dalam dua kali perjanjian yang terjadi, Nabi Muhammad SAW mendapatkan kesan bahwa Islam telah siap berkembang pesat di Yatsrib.
Kenyataan ini membuat Nabi Muhammad SAW memerintahkan kepada para sahabatnya untuk sembunyi-sembunyi hijrah dari Mekah ke Madinah.
Sedangkan Nabi SAW dan beberapa sahabatnya masih tinggal di Mekah bersama Abu Bakar dan Ali bin Abi Thalib. Nabi SAW menunggu turunnya ayat dari Allah untuk pergi hijrah.
Rencana hijrah Nabi Muhammad SAW didengar oleh kafir Quraisy. Kaum Quraisy pun akhirnya merencanakan pembunuhan terhadap Nabi Muhammad SAW. Kafir Quraisy khawatir Islam akan berkembang di Yatsrib. Mereka menyuruh para pemuda untuk mengepung rumah Nabi Muhammad SAW karena khawatir akan lari.
Pada malam itu pula, Nabi SAW meminta sepupunya Ali bin Abi Thalib supaya memakai selimut Nabi SAW dan berbaring di tempat tidurnya.
Atas izin Allah Nabi Muhammad SAW berhasil keluar dari rumahnya dengan selamat meski sudah dikepung. Para pemuda kafir Quraisy tak melihat Nabi SAW keluar dari pintu depan yang sudah mereka jaga.
Tidak lama setelah Nabi Muhammad SAW meninggalkan rumahnya, para pemuda terbangun dan masuk ke rumah Nabi SAW dengan penuh nafsu untuk membunuh. Akan tetapi, mereka hanya mendapatkan Ali bin Abi Thalib yang sedang tidur. Mereka kecewa dan tidak percaya dengan segala hal yang terjadi. Hal ini terjadi hanya karena pertolongan Allah SWT.
Menjelang larut malam, Nabi Muhammad saw. menuju ke rumah Abu Bakar dan mengajaknya hijrah. Nabi SAW dan Abu Bakar kemudian keluar dari jendela pintu belakang dan terus bertolak ke arah selatan menuju Gaa Tsur.
Jalan yang ditempuh oleh mereka adalah jalan yang tidak mungkin dilewati manusia. Hal ini dilakukan supaya para pemuda Quraisy yang mengejar tidak menyangka mereka melalui jalan itu.
Dalam perjalanannya, mereka berdua sempat bersembunyi di Goa Tsur selama tiga hari tiga malam.
Tepat tanggal 26 Shafar 622 Masehi atau tepat 17 Juni, Nabi Muhammad SAW didampingi Sayyidina Abu Bakar Ash Shiddiq pergi ke Goa Tsur.
Nabi SAW memberi tahu Abu Bakar bahwa harus pergi hijrah malam itu dan menunjuk Abu Bakar untuk menyertainya. Peristiwa itu terekam dalam Kitab Fatkhul Bari. Peristiwa hijrahnya Nabi Muhammad SAW itu kemudian ditetapkan sebagai awal penanggalan Hijriah.