Nabi SAW juga singgah di Masjid Al Aqsa atau Baitul Maqdis saat perjalanan suci Isra Mi'raj.
Kisah itu diabadikan dalam Al Qur'an, Surat Al Isra ayat 1:
{سُبْحَانَ الَّذِي أَسْرَى بِعَبْدِهِ لَيْلا مِنَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ إِلَى الْمَسْجِدِ الأقْصَى الَّذِي بَارَكْنَا حَوْلَهُ لِنُرِيَهُ مِنْ آيَاتِنَا إِنَّه هُوَ السَّمِيعُ الْبَصِيرُ (1) }
Mahasuci Allah, yang telah memperjalankan hamba-Nya pada suatu malam dari Masjidil Haram ke Masjidil Aqsa yang telah Kami berkahi sekelilingnya agar Kami perlihatkan kepadanya sebagian dari tanda-tanda, (kebesaran) Kami. Sesungguhnya Dia adalah Maha Mendengar lagi Maha Mengetahui. (QS. Al-Isra:1).
Ibnu Katsir menjelaskan maksud ayat tersebut yakni Baitul Muqaddas yang terletak di Elia (Yerussalem), tempat asal para Nabi (terdahulu) sejak Nabi Ibrahim as. Karena itulah semua nabi dikumpulkan di Masjidil Aqsa pada malam itu, lalu Nabi Saw. mengimami mereka di tempat mereka.
أَفْضَلُ مِنْ أَلْفِ صَلاةٍ فِي غَيْرِهِ مِنَ الْمَسَاجِدِ إِلاَّ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ وَرُوِّينَا في حديث أبي الدرداء وجابر مرفوعا: فضل الصلاة في المسجد الحرام على غيره مائة ألف صلاة، وفي مسجدي هذا ألف صلاة وفي مسجد بيت المقدس خمسمائة صلاة اسم الكتاب: السنن الصغرى للبيهقي رقم الجزء: 7 رقم الصفحة: 456
Diriwataytkan dari sahabat Ibnu Umar bahwasanya Rasulullah shallallaahu 'alaihi wasallam bersabda : Shalat di masjidku ini lebih utama dari 1000 shalat di masjid-masjid lainnya kecuali masjidil haram. Dan kami meriwayatkan dalam hadits Abu Darda' dan Jabir secara marfu' : Keutamaan shalat di masjidil haram dibanding yang lainnya adalah 100.000 shalat, (keutamaan shalat) di masjidku ini 1000 shalat dan (keutamaan shalat) di masjid baitul maqdish 500 shalat [Al-Baihaqiy].
Masjid Al Aqsha atau baitul Maqdis adalah masjid yang penuh dengan Sejarah. Tahun 70 SM, masjid ini dihancurkan oleh Panglima Titus dari Romawi. Pada Masa Pemerintahan Umar bin Khatab (13-23 H) , ummat Islam dapat membebaskan Kota Yerusalem yang dijajah oleh Romawi Bizantium.
Ketika perang Salib berlangsung tahun 498 H bersamaan dengan 1096 M, tentara kristen menguasai kota Yerusalem dengan bantuan Baldwin II, Masjid Umar (Qubbaht AlShakhrah) dijadikan gereja dan dinamakan "Templum Domini", artinya "Gereja Hamba-hamab Rumah Suci". Kemudian dilakukan perubahan, kaligrafi arab dirubha dengan bunga-bunga bergaray Kristen. Di puncak kubah Masjid diganti dengan Palang Salib yang terbuat dari emas.