Sejak itu, Bakri berakting dalam puluhan film hingga akhirnya dia memutuskan menjadi sutradara. Karyanya yang cukup terkenal ialah Jenin, Jenin (2002) yang mana, di film itu Bakri mewawancarai penduduk kamp pengungsian Jenin di Tepi Barat.
Film itu menimbulkan banyak kontroversi di Israel dan dengan cepat dilarang oleh Dewan Film Israel untuk diputar. Kasus ini sampai ke Mahkamah Agung, dan pada 2022 hakim menolak banding Bakri untuk mencabut larangan tersebut.